MES系统的工序调度以人工为主，未实现智能化自动排产和调度以及作业计划、执行、反馈的闭环控制机制，导致计划准确性和实时性差，同时未对影响计划执行的各种干扰因素进行科学的处理，导致准时交付率低。MES系统与ERP系统、PDM、CAPP以及设备管理、质量管理都存在集成关系，集成接口多、集成关系复杂，系统来自不同厂商，集成较为困难，容易导致信息孤岛。